Prokuroria Publike përcaktohet si organ i vetëm dhe i pavarur shtetëror që i ndjek autorët e veprave penale dhe të veprave të tjera të dënueshme me ligj, e po ashtu kryen edhe punë të tjera të përcaktuara me ligj.

Prokuroria Publike është e organizuar sipas parimeve të hierarkisë dhe vartësisë, respektimi i të cilave nuk duhet ta rrezikojë pavarësinë dhe përgjegjësinë e prokurorëve publikë gjatë ushtrimit të funksionit të tyre.

Prokuroria Publike themelohet dhe ndërpritet me ligj dhe sipas ligjit organizohet si:

– Prokuroria Publike e Republikës së Maqedonisë e themeluar për tërë territorin e Republikës së Maqedonisë së Veriut dhe procedon para Gjykatës Supreme.

– 4 Prokurori të Larta Publike që procedojnë para Gjykatave të Apelit në Manastir, Gostivar, Shkup dhe Shtip

– Prokuroria Themelore Publike për Ndjekjen e Krimit të Organizuar dhe Korrupsionit për tërë territorin e Republikës së Maqedonisë së Veriut me seli në Shkup dhe

– 22 Prokurori Themelore Publike që procedojnë para një ose më shumë Gjykatave Themelore. Prokuroritë Themelore Publike janë të organizuara si: 10 Prokurori Themelore Publike me juridiksion themelor (të cilat procedojnë lëndë penale për të cilat dënimi kryesor është paraparë dënimi me burg deri në 5 vjet) dhe 12 Prokurori Themelore Publike me juridiksion të zgjeruar (të cilat procedojnë lëndë penale për të cilat dënimi kryesor është paraparë dënimi me burg mbi 5 vjet).

Në prokuroritë publike me vëllim më të madh të lëndëve të ngjashme, për ta përmirësuar efikasitetin dhe specializimin në punën e prokurorisë publike, ligji jep mundësi për krijimin e njësive si njësi të brendshme organizative, të cilat udhëhiqen nga prokurori publik ose zëvendës-prokurori publik. Në Prokurorinë Themelore Publike për Ndjekjen e Krimit të Organizuar dhe Korrupsionit dhe në Prokurorinë Publike të themeluar për rajonin e gjykatës me juridiksion të zgjeruar formohen njësi të specializuara për ndjekjen dhe zbulimin e krimit me shërbim të veçantë profesional, ndërsa në prokuroritë publike të themeluara për rajonin e gjykatës me juridiksion të zgjeruar, në përputhje me dispozitat e ligjit, krijohen edhe njësi të specializuara për të miturit.

Sipas ligjit, Prokurorët Publikë të Prokurorisë Publike të Republikës së Maqedonisë së Veriut, Prokurorët e Lartë Publikë dhe Prokurori Themelor Publik për Ndjekjen e Krimit të Organizuar dhe Korrupsionit, për punën e tyre i përgjigjen Prokurorit Publik të Republikës së Maqedonisë së Veriut dhe Këshillit të Prokurorëve Publikë të Republikës së Maqedonisë së Veriut.  Prokurorët në Prokuroritë e Larta Publike për punën e tyre i përgjigjen Prokurorit të Lartë Publik dhe Këshillit të Prokurorëve Publikë të Republikës së Maqedonisë së Veriut, ndërsa prokurorët publikë në Prokurorinë Themelore Publike për Ndjekjen e Krimit të Organizuar dhe Korrupsionit përgjigjen para Prokurorit Themelor Publik për Ndjekjen e Krimit të Organizuar dhe Korrupsionit dhe para Këshillit të Prokurorëve Publikë të Republikës së Maqedonisë së Veriut. Prokurorët Themelorë Publikë për punën e tyre i përgjigjen Prokurorit të Lartë Publik, Prokurorit Publik të Republikës së Maqedonisë së Veriut dhe Këshillit të Prokurorëve Publikë të Republikës së Maqedonisë së Veriut, ndërsa prokurorët publikë në Prokuroritë Themelore Publike për punën e tyre i përgjigjen Prokurorit Themelor Publik dhe Këshillit të Prokurorëve Publikë të Republikës së Maqedonisë së Veriut.

Për kryerjen e punëve profesionale në prokurori përveç prokurorëve publikë punojnë edhe shumë këshilltarë të lartë të Prokurorisë publike, këshilltarë të pavarur të Prokurorisë publike, këshilltarë të Prokurorisë publike, bashkëpunëtorë profesionalë dhe praktikantë të Prokurorisë Publike, që janë juristë të diplomuar, si dhe profesionistë nga fusha të tjera (financat, ndërtimtaria, informatika, elektroteknika, makineria etj.) të cilën kryejnë punë profesionale për ndjekjen dhe zbulimin e krimit.  Në Prokuroritë publike me njësi të specializuara për ndjekjen dhe zbulimin e krimit dhe në Prokuroritë Themelore Publike për ndjekjen e krimit të organizuar dhe korrupsionit janë të punësuar një numër i caktuar ekspertësh si hetues të Prokurorisë Publike.

Për kryerjen e punëve administrative, teknike dhe të tjera në prokuroritë publike punojnë një numër i caktuar i punonjësve.

Në Prokurorinë Publike të Republikës së Maqedonisë së Veriut emërohet Sekretar i Përgjithshëm, i cili udhëheq me Shërbimin Profesional të Prokurorisë Publike të Republikës së Maqedonisë së Veriut, e koordinon dhe e drejton punën e shërbimeve profesionale në prokuroritë e tjera dhe i ndihmon Prokurorit Publik të Republikës së Maqedonisë së Veriut në kryerjen e punëve të administratës së Prokurorisë Publike. Prokuroritë Publike me më shumë se shtatë prokurorë publikë kanë sekretar i cili udhëheq me shërbimin profesional të prokurorisë publike.